某市一工厂位于市区，因生产不景气，报经总公司批准，同意改建一座高层宾馆，占地面积32000m2。总公司在批准时指出，市城乡规划行政主管部门已按照规划调整的相关程序开展工作，上报原规划审批单位同意该厂用地使用性质可以调整。随后，该厂便与合作方签订协议，由合作方出资，建成以后各得一半建筑面积。合作双方的建设方案报经总公司批准后，即着手进行建设。正当开槽施工之时，城乡规划行政主管部门查处了该建设工程，责令立即停工，听候处理。
试分析，该工程为什么会受到城乡规划行政主管部门的查处？城乡规划行政主管部门应如何处置？