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在进行同种异体移植时，引起排斥反应最强的同种抗原当属HLA，T细胞对带有同种异基因HLA的细胞具有超常的反应性和有效的细胞毒作用。通过直接识别，活化以CD8CTL为主的T细胞，参与强烈的急性排斥反应。而间接识别则以活化CD4为主，在慢性排斥反应中发挥重要作用。