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厌氧菌感染的病原主要指专性厌氧菌，常见致病菌有下列四种：
1.革兰阴性厌氧杆菌包括类杆菌和梭杆菌。类杆菌是厌氧菌感染最主要的病原菌，以脆弱类杆菌和产黑色素类杆菌最为多见。梭形杆菌中以核梭形杆菌和产坏死梭形杆菌为主。
2.革兰阴性厌氧球菌包括产碱韦荣球菌、大球菌等。
3.革兰阳性厌氧球菌主要有消化球菌属中的大消化球菌及消化链球菌属中的厌氧消化链球菌。
4.革兰阳性厌氧杆菌产芽胞的梭状芽胞杆菌属中的产气荚膜杆菌，及不产芽胞的放线菌属、丙酸杆菌属、真杆菌属、乳酸杆菌、双歧杆菌等。