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甲市A区的王某到甲市商业银行存款，因工作人员疏忽，在存款单上误将王某所存金额打印成16万元，而王某实际所存金额仅为16000元。后储蓄所工作人员发现，便找到王某要求改正存款单，但王某不同意。于是甲市商业银行向A区人民法院起诉王某，要求王某返还存单进行更改。A区法院经过审查，认为银行目前并未发生损失，决定对该案不予受理。此后，王某向A区人民法院起诉甲市商业银行，要求其按照存款单上的金额支付其16万元人民币。在法院组织的庭前会议中，双方当事人进行了证据交换，甲市商业银行提交了该银行柜台工作人员李某的证言，证实其将王某所存金额打印错误，王某对该证据予以认可。但在一审庭审过程中，王某表示不认可该证人证言的真实性。庭审结束之后，判决作出之前，甲市商业银行向A区法院提出反诉，要求法庭认定王某的存款数额为16000元，载明16万元的存款单无效。法院一审判决王某败诉，王某不服提起上诉。二审中，双方达成调解协议，银行补偿王某5000元，而王某则同意不再追究此事。经双方申请，法院根据调解协议制定了判决书，送达双方。请问： (1)对于甲市商业银行的起诉，A区法院的做法是否正确? (2)王某在庭审中不认可李某证言的真实性，法院应如何处理? (3)在一审中，甲市商业银行的反诉能否被接受?应如何处理?为什么? (4)二审中，法院结案的方式是否正确，为什么? (5)如果甲市商业银行在二审中才提出反诉，二审法院应如何处理?